Prince of Persia: The Two adalah kelanjutan dari Prince of Persia: Warrior Within dimulai ketika Pangeran mengalahkan Dahaka dan meninggalkan Pulau Waktu dengan Kaileena. Ketika Pangeran dan Kaileena yang berlayar menuju pelabuhan Babylon, Pangeran mendapati kerajaannya yang sedang dilanda oleh perang. Kapalnya hancur dan Kaileena terlempar ke laut. Lalu Kaileena terdampar dan tidak sadar. Saat itu juga Kaileena ditemukan lalu diculik oleh monster pasir. Lalu Pangeran menempuh jalan-jalan kota untuk menyelamatkan Kaileena. Namun karena telat menyelamatkan, akhirnya Kaileena dibunuh oleh Vizier yaitu mantan petinggi Persia yang sekarang menjadi musuhnya. Setelah membunuh Kaileena, Vizier menikam dirinya sendiri dengan Dagger Of Time (Belati Waktu) lalu menjadi monster abadi. Saat itu juga, Pasir Waktu yang keluar dari Belati tersebut menginfeksi sang Pangeran dan sepotong pedang daggertail menyatu dengan tubuhnya. Ketika Vizier berubah menjadi monster, Pangeran mengambil Dagger Of Time. Karena terinfeksi Pasir Waktu, Pangeran dapat berubah menjadi Dark Prince kapan saja. Dalam perjalanan untuk membunuh Vizier, Pangeran bertemu dengan Farah, seorang Putri dan anak dari Maharaja India. Farah ingin membalas dendam atas kematian ayahnya yang dibunuh juga oleh Vizier. Lalu keduanya memutuskan untuk bepergian bersama. Ketika melanjutkan perjalanannya, Pasir Waktu telah mempengaruhi pikirannya. Infeksi telah memisahkan kesadarannya ke dalam dua kepribadian, yaitu baik dan kejam. Ketika berubah menjadi Dark Prince, Pangeran memiliki kekuatan yang besar dan memanfaatkan pedang daggertail sebagai senjatanya. Sosok Dark Prince yang kejam membuat Farah menjauh dan memisahkan diri dengan Pangeran. Emosi Pangeran yang tidak terkendali membuatnya jatuh kedalam jurang Babylon. Saat dalam jurang, Pangeran menemukan jasad ayahnya, dan saat itu juga dia tersadar bahwa Dark Prince yang membuat dia lebih kejam. Sosok Dark Prince tidak muncul lagi, dan dia kembali memburu Vizier. Ketika mencapai Menara Babylon, Farah dan Pangeran bertemu kembali dan keduanya membunuh Vizier. Ketika Vizier mati, roh Kaileena muncul dan dia menyembuhkan Pangeran dari infeksi Pasir Waktu, dan seluruh Kerajaan bersih dari monster-monster pasir. Tetapi, tiba-tiba Pangeran ditarik ke dalam alam bawah sadarnya oleh Dark Prince, dan kedua kepribadian tersebut bertarung. Setelah mengalahkan Dark Prince, Pangeran terbangun dalam pelukan Farah. Akhirnya penindasan Vizier berakhir. Pangeran dan Farah membangun kembali Kerajaan yang rusak akibat Pasir Waktu.
Pangeran :
Farah :
Vizier :
Kaileena :
Dark Prince :
Monster Pasir :
